蒋南翔在第二次党代会上致词（清华大学档案馆藏）
清华大学档案馆收藏着一张历史照片──蒋南翔在第二次党代会上发表讲话。大礼堂的讲台上，四只话筒并排而立，一盆鲜花摆放在讲台前。蒋南翔戴着眼镜，手持讲稿，中山装左上口袋中的钢笔依稀可见。从1952年回到母校工作后，蒋南翔先后担任了清华大学校长、党委书记，1955年起兼任北京市委常委、北京市高校党委第一书记，1959年底开始又兼任教育部副部长、党组副书记。
根据历史档案考证，清华大学第二次党代会于1959年2月16日至25日举行。大会正式代表400人、候补代表79名，代表全校2701名党员。这一次党代会在当年的档案文件和《新清华》报道中，都称作“中国共产党清华大学第二届代表大会”。
1959年2月20日，《新清华》套红报道第二次党代会开幕。
蒋南翔致开幕词。他说，这次会议的主要任务是总结第一次党代会两年多来学校党的工作，特别是党的思想政治领导和党的建设工作，确定今后党的任务。“党中央这样指示我们，我们学校几年来的实际经验也这样告诉我们：要办好学校──建立共产主义的清华大学，党的领导是决定性的关键。”
校党委第一副书记刘冰代表上届党委作工作报告。报告共三大部分，回顾了几年来的成绩和一系列变化，分析了应当吸取的经验教训，提出了今后的任务和需要抓好的几项工作。报告指出，从第一次党代会两年多来，学校规模发展了，从8个系发展为11个系，29个专业发展为37个专业，在校学生从6400余人发展到11000余人，“我们学校已经初步形成为教学、生产、科学研究的三联基地”。报告总结并阐述了工作中的四条经验教训：一、努力掌握马克思主义阶段分析的观点，学会全面看问题的方法；二、努力学习和掌握正确处理人民内部矛盾的方法；三、实行教育和生产劳动相结合的方针，是教育工作中的革命；四、加强党的领导，贯彻群众路线是我们胜利的保证。
党代会期间，许多单位以生产、学习的跃进向党代会献礼，青年团组织、不少班级的师生，以及在清华学习的越南、朝鲜学生和党团员等，给大会写来贺信。大会共收到贺信235封。
团组织给第二次党代会的贺信（清华大学档案馆藏）
会议期间，安排了分组讨论和大会发言。校党委副书记何东昌、艾知生联合作了关于第一次党代会的发言，另有27位代表就党的各方面工作分别作了大会发言或书面发言。代表们围绕大会报告和发言等，进行了认真深入的讨论。
由于代表们讨论热烈，特别是为了对第一次党代会的估计问题进行深入讨论，大会主席团决定将原订23日的闭幕会推迟两天举行。
1959年2月23日，第二次党代会主席团会议讨论会议日程、决定推迟两天举行闭幕式的记录。（清华大学档案馆藏）
2月25日晚上，举行第二次党代会闭幕式，蒋南翔作了总结报告。他说，关于今后党的工作，最根本的问题，就是要不断加强党的战斗力，加强党的领导作用。他特别强调了要继续正确地贯彻党的方针政策，进一步加强党内和全校的团结，发扬谦虚谨慎的作风。“谦虚谨慎应该成为我们的座右铭，要时时注意”，“不要虚夸，不要把未成功或不成熟的东西，就拿出去宣传。七分人才，三分打扮，很好看；三分人才，七分打扮，就难看了。”在当时全国大跃进的形势下，蒋南翔同志力戒浮夸的清醒认识和实事求是的态度，尤显难能可贵。
全体代表一致通过了大会决议，一致同意刘冰所作的工作报告、蒋南翔所作的大会总结和何东昌、艾知生关于第一次党代会的发言。大会选举产生了新一届党委会，委员36人、候补委员9人。
2月26日，第二届党委会召开第一次全体会议，选出党委常委18人，蒋南翔再次当选为党委书记，刘冰再次当选为党委第一副书记；3月9日，党委会召开第二次全体会议，选出监察委员会委员8人，胡健再次当选为监委书记。
根据上级有关规定，从这一时期开始，清华大学实行党委领导下的校务委员会负责制。
