档案分室是学校档案工作的重要组成部分。1991年10月，经国家教委发文批准，清华大学档案馆成立。1992年，《清华大学档案管理规章制度汇编》印发。其中的《档案馆职责》包括档案管理方面职责和馆内建设方面职责两大部分，而“档案管理方面职责”的第3条，就是“对核研院、设计院、电教中心、出版社等档案分室进行业务领导与业务指导”。随着学校档案工作不断发展，更多的档案分室陆续建立。2017年6月，为了规范我校档案馆分室的管理，根据《高等学校档案管理办法》等有关规定，结合我校实际，档案馆专门制定了《清华大学档案馆分室管理实施办法》。
目前，档案馆分室共有12个，主要有两类：第一类是与财务处、实验室管理处、党委宣传部、信息化技术中心、清华大学出版社等合作建立的档案分室，主要为了管理会计、设备、音像、出版物等若干特殊门类的档案；第二类为美术学院、深圳国际研究生院、附属中学、附属小学、第一附属医院、第二附属医院、北京清华长庚医院等部分历史或类型特殊的单位档案室，保管本单位的文书档案等。档案馆分室既是各单位的内部机构，又是档案馆的分支机构，受本单位的行政领导和档案馆的业务指导。
分室管理的档案与学校工作和师生利益密切相关。比如财务处分室管理全校会计档案，既有永久保存的档案，又有定期保存的财务凭证，真实记录和反映学校经济业务发生的情况，是财务核算、审计、科研项目验收结题等工作中所需的重要原始凭证；信息化中心和宣传部分室，分别保存着学校教学和各项活动拍摄制作的音视频档案，为人才培养和宣传教育提供丰富的素材和资料。附中、附小和几个附属医院的档案分室，完整保存各单位的档案，真实记录着本单位发展变迁的历程。
