1925年清华学校始办大学部，成立有国文课程组（即中文系前身），学校同时设国学研究院。1926年国文系成立，1929年文学院成立后改称中国文学系。
新旧文学贯通中外文学结合
清华建校伊始，学校的教育宗旨是培养能直接赴美游学的预备学生。国文课程在学生心目中的分量虽不如西学部课程重，但却是中等科和高等科学生的必修课程。当时国文课程组汇聚有梁启超、汪鸾翔、左霈、戴元龄等一大批国学根底深厚的教员。1926年成立国文系，首任系主任是吴在教授（而非目前校史编研出版物中所写的吴宓，吴宓时任西洋文学系代理主任）。吴在，廪贡生，日本东京师范生，曾任上海竞业中学校校长，女子文艺专修社社长，南洋中学、上海学校、约翰大学、沪江大学等校国文教员,1922年到清华国学部教授哲学。建系之初即着手厘定课程，增聘教授，添置中文图书。文学院成立时，中国文学系已是文学院“规模最大”的系之一。此后，系主任由杨振声（文学院长）、朱自清、闻一多和李广田相继担任。
杨振声任系主任时，曾确定以“创造我们这个时代的中国新文学”为办系宗旨，试图使学生能够从事白话文学的创作与研究。他认为“欲求超胜，必先会通”，提出“注重新旧文学的贯通与中外文学的结合 ”的教学方针。中文系学生必修英文2年（成绩在超上等者，方可第二年学第二外语），除规定必修课程外，还须选读西洋文学、历史学及其他社会科学课程各一门，以收融会贯通之效。新开课程也无不注重中西并蓄，新旧兼收。如支那学是专为介绍东西洋学者研究中国学问的方法和成果的，诗学则对中西诗作进行比较研究。
当时中文系已是名师云集，教授先后有杨树达、汪鸾翔、陈寅恪、朱自清、闻一多、刘文典、俞平伯、王力等，他们“都是兼通新旧两个领域的大师”。这种会通的风格和当时一些地方流行的“力矫时弊，以古为训”的学风形成鲜明对比。引导学生不要做书斋型学者，而要努力做到输入学理，向国外学习新理论、观念和学说；整理研究国故，要参用新的方法来致力于“建立我们所需要的新文学”，从而“提高中国文学的国际地位”。正如陈寅恪所说，“吾国大学之职责，在求本国学术之独立”。
宏观微观并重海派京派兼取
朱自清任系主任长达十几年，他认为：“大学是最高的学术机关，有领导社会的责任与力量。创造新文学的使命，她义不容辞地分担着。”朱自清强调：“比较研究不独供给新方法，且可供给新眼光，使学者不致抱残守缺，也不致局促一隅。”此时办系宗旨和教学目标有所发展，努力使清华中文系的学风兼具京派(微观上的谨严)、海派（宏观上的开阔）之长。
课程设置既保留新文学方面的课程和外文课程，又着重于古典文学的教学与研究。新设国学要籍一类课程（共9种）和语言学方面的选修课程，还把全部课程分为中国文学与中国语言文字两类，后又正式分为两组，以培养相应研究人才。注重引导学生“不拾人牙慧，不凿空取巧”。既要视野开阔，又不要大而空；既要立论严谨，又不要钻牛角尖。在“释古”上下功夫，察人之所不能察，见人之所不能见，对历史现象要找出其之所以如此的时代和社会原因。
这一时期，中文系教师整理研究中国古典文学，取得诸多成绩。在训诂学、校勘学，以及汉语语言、音韵、文法方面都做了系统的整理工作。如朱自清认为就研究中国文学而言，“在鉴赏及批评方面做功夫的还少”，遂由散文写作及新诗研究转向专攻诗歌与文学批评，代表作是《诗言志辨》；闻一多以立论的大胆与考证的绵密见长，对上古神话研究及诗经、楚辞的研究既富于历史感，又具有鲜明的时代感，郭沫若认为其“在文字训诂上极有价值”；其它如杨树达的古文字学研究，俞平伯的红楼梦研究，许维遹的管子、尚书研究和浦江清、余冠英等的研究等，都显示出开阔与谨严相结合的特色。同时以研究所得开创的一些新课程，也广受学生欢迎。每开出一门课，还将讲义整理成书出版，有的成为我国早期系统的教科书（如王力的《中国音韵学》）。
中文系曾培养出许多优秀毕业生，如古典文学家余冠英，当代语言家吴宗济，古典文学家李嘉言，台湾著名学者曲显功、苏景泉，与西洋文学系的季羡林、哲学系的李长之并称“清华四剑客”的文学史家林庚、古典文学专家吴祖缃，以及教育家蒋南翔、著名女记者陈柏生等。
西南联大时期，中国文学系由原清华、北大中文系组成（南开1945年始有中文系），系主任先后为朱自清、罗常培。1952年院系调整，清华中文系并入北京大学。1985年复系后，中文系继承清华的学术传统，开拓以语言文学为基础的四个学科方向——语言学、文学、科技传播学和对外汉语教学，成为我校文科建设新的生长点。
