1926年成立的哲学系始终注重对哲学问题的探讨。1928年起到清华任教的冯友兰在谈到为什么学哲学时说：学哲学可以养成清楚的思想；学哲学可以养成怀疑的精神；学哲学可以养成容忍的态度；学哲学可以养成广大的眼界。
1936年哲学学会，左起第4人为金岳霖，第7人为冯友兰
“东方的剑桥派”
清华学校时期，高等科西学部专设有西方文化课程，内容包括19世纪以来的西洋文学、哲学、社会科学和自然科学，是“近代文化鸟瞰”。哲学系于1926年创建，1932年逐渐定型，课程日渐完备。哲学系是小系，学生很少，但聚集了多位学术大师，如1936年任教的教授有冯友兰、金岳霖、邓以蛰、张申府、张荫麟、沈有鼎，讲师有贺麟、洪谦，助教有张岱年、王森等。首任系主任金岳霖，1914年于清华学校毕业后赴美留学，获哥伦比亚大学博士。他是把西方现代逻辑介绍到中国的主要人物，冯友兰评价他“是中国第一个真正懂得近代逻辑学的人”，“又是中国第一个懂得并且引进现代逻辑的人”。
在哲学思想上，哲学系教师受英国哲学家罗素的影响，希望成为“一个东方的剑桥派”。新实在论和逻辑实证主义这两种哲学派别在清华形成了一个分支，着重于哲学问题的研究，在国内哲学界有一定影响。金岳霖认为：“哲学是说出一个道理来的成见……所谓‘说出一个道理来’者，就是以论理的方式组织对于各问题的答案。”清华哲学系的一个特色是强调概念的分析，尤重平面的逻辑结构的剖析，而不同于其他学校哲学系之侧重于纵向的研究、哲学史的研究。
注重逻辑，文理交汇
鉴于中国传统哲学多重结论而轻论证，以及逻辑在哲学中之重要，清华哲学系多设有逻辑方面课程，“在外间有逻辑派之称”，形成了注重逻辑的鲜明特色。
哲学系的必修课程中，逻辑、哲学概论、中国哲学史、西洋哲学史为初级课程，安排在一、二年级，使学生了解哲学内容的大概及中外古代和近代哲学的各大体系；三年级学生学习伦理学、美学、知识论、形上学等中级课程；四年级则安排哲学专题或专家研究等高级课程，涉猎某个哲学家或专题。此外，中国通史或西洋通史、普通心理学、外语等均在必修课范围内。
哲学系教师认为“哲学与各种科学，皆有密切关系”，人类的自然科学来源于哲学，积极鼓励学生选修他系课程。“如学生兴趣在伦理学等者，可选习社会科学等系之课程。如学生兴趣在形上学等者，可选习自然科学等系之课程。如学生兴趣在论理学知识论等者，可选习算学、心理学等系之课程。”
张遂五曾这样评价：“清华哲学系有一种倾向，就是要通过自然科学的途径达到哲学。”他回忆道：“有时约物理系的周培源教授讲课，周先生结合主题给我们讲一些物理学上的新成果，并从哲学上给以评论，引起我们很大的兴趣。”控制论创始人维纳曾讲量子力学的哲学意义，“冯友兰先生主持会，周先生、金先生都发了言，同维纳教授展开了讨论。使人感到，要讲哲学，离开科学寸步难行”。自然科学与哲学的交汇拓宽了学生的视野。
哲学系培养了很多著名学者，如王宪钧、周辅成、孙道升、任华、李长植（李长之）、张遂五、吴恩裕、佟贵廷、梁德舆、任继愈、王逊、沈有鼎、王浩、冯契、殷福生（海光）、赵俪生等。1929年～1933年就读于哲学系的乔冠华，着重研究黑格尔哲学，专业与外文俱佳，毕业后到德国留学，后来成为新中国著名的外交家。
多难兴学，硕果累累
西南联大时期，文学院下设哲学心理学系，系主任为汤用彤。清华教师们开始形成并建立自己的哲学体系，编著了一些系统的著作，为中国哲学界增添了浓墨重彩。金岳霖出版了《论道》一书，并撰写了数十万字的《知识论》，与战前所著《逻辑》一书，构成了他的新实在论的体系。冯友兰也先后出版了《新理学》、《新事论》、《新世训》、《新原人》、《新原道》及《新知言》等一整套著作，总名为“贞元之际所著书”，构成了他“新理学”的哲学体系。
丰硕的成果出自多年勤奋，民族危亡国家多难则更激发研究热忱。冯友兰曾追述：“1937年中日战争开始，我同金先生到湖南加入长沙临时大学。文学院设在南岳，在那里住了几个月，那几个月的学术空气最浓。我们白天除了吃饭上课以外，就各自展开自己的写作摊子，金先生的《论道》和我的《新理学》都是在那里形成的。从表面上看，我们好像不顾国难，躲入了‘象牙之塔’。其实我们都是怀着满腔悲愤无处发泄。那个悲愤是我们那样做的动力，……那时我们想，哪怕只是一点中国味，也是对抗战有利的。”
新中国成立初期，为引导全校师生员工进行政治学习，清华建立了辩证唯物主义与历史唯物主义委员会。1952年院校调整，清华哲学系并入北京大学和中国社会科学院；学校新建政治课教研室，下设4个教研组，其中1956年成立的哲学教研组由校长蒋南翔亲自兼任主任。1978年，成立马列主义教研室。1993年设立哲学与社会学系。2000年5月复建哲学系，力求在继承清华优良学术传统的基础上不断有所创新和发展取得明显成效。
