教育心理学系于1926年秋设立。1928年，学校领导认为教育学属于师范院校教育范围，与清华文理科大学的性质不符，故改为心理学系。1932年秋设立心理研究所，并曾招收研究生。心理学系在曲折发展中曾培养出不少科学家、名人。
1937年心理学会（右一为周先庚）
创办之初
教育心理学系是清华最早设立的学系之一。初建时全系仅教授3人，助教1人，学生10人。培养目标一是造就专门研究教育与心理之人才，二是养成教育行政人员及中等学校师资。所设置的专修课程以教育学为主：第一年设教育概论、生物学和其他普通学科，第二年设普通心理学、教育统计学、中等教育、社会学、哲学入门，第三年设教育心理学、智力与学力测验、教育行政、教育史。选修课有比较教育学、儿童心理、青年心理、教育社会学、职业教育等。第四年专修课为教学法（参观与实习在内）、教育哲学，选修教育心理学（二）、教育统计学（二）、测验编制、学务调查、专题研究。
首任系主任为朱君毅教授。他1910年考取清华“庚款”留美预备生，1916年夏公费赴美留学，获霍普金斯大学教育系学士学位，继而获哥伦比亚大学硕士、博士学位，回国后来清华任教。在教育思想上，朱君毅受美国教育家杜威影响很深，强调智力测验，根据学生智力不同，因材施教。他认为教育的出发点是爱，教育学生首先要爱护学生，对学生循循善诱。他开设了《教育心理学》、《教育统计学》、《教育测验与统计》等课程，着重讲授教材上没有的知识或自己的治学心得，深入浅出，引人入胜。
发展心理学
1928年秋，教育心理学系改为心理学系，隶属理学院，其时只有教授和助教各1人。自1931年起，常有教授3人、助教2～4人，心理学系的师资、课程和教学设备等才基本趋于稳定。首任系主任唐钺1914年赴美国康奈尔大学攻读心理学，1920年获哈佛大学哲学博士学位。他重视对心理学中唯心主义思想的批判，同时强调正确对待心理学中的批判继承问题，反对以哲学简单代替心理学的做法，主张心理学应以历史唯物主义有关心理形成的规律为起点，去发现、认识和研究心理活动的法则。在这一时期，还有孙国华、周先庚、敦福堂、陈立等一批著名心理学教授在清华任教。
心理学系规定的本系必修课程有心理学概论、初级实验心理学、应用心理学、变态心理学、社会心理学、发展心理学和心理学史等，共占42学分。这一时期的教学偏重于纯粹心理学范畴，应用心理学的内容极少。科学研究虽然比较活跃，但所研究的问题大都也是纯理论的。课程设置的第二个特点是外系课程比本系多，本系必修和选修学分加起来，还不到全部学分的一半。另一特点是选修课程多，除规定必修文法学院和理学院课程外，允许自由选择本系和外系修习的课程，选修课占52学分。
这些特点与当时的办学思想密切相关，即：认为心理学是“介乎自然科学与社会科学之间的一种学问”，“想专门研究心理现象的人，不但对于物理、化学、数学、生物诸种科学应该先有相当的预备，对于政治、经济、哲学、历史、社会等学科亦必须有相当的认识”，故规定必修文法学院和理学院各若干学分，以给学生打下广博的基础，“避免专门太早的毛病”。其次，当时认为“心理学的范围很大，将来个人研究的预备不但因题而异，而且因人而异。譬如一个人想专研究视觉，他应当多学习理学院的功课，如物理学、解剖学、生理学等……”。后期又开设了教育心理学、法律心理学和工业心理学几门课，其中工业心理学着重于“人事关系 ”、“雇员选拔”等，以研究“劳资间心理”问题。
四年级和研究生阶段还有新意思讨论会和心理问题等必选课程。前者是在本系指导下选定题目进行研究，并写出报告定期举行讨论。这种教学形式使学生有机会发表个人学术见解并开展讨论，颇能激发学术研究的风气。后者是由教授指导做专题研究，并写出论文。
几番风雨终辉煌
西南联大时期，心理学系并入联大文学院哲学心理学系，改为心理学组，兼受清华理学院领导。1946年复员后清华仍设有心理学系，1952年院系调整时随理学院并入北京大学。1979年10月，清华建教育研究室（后改为研究所），下设应用心理学研究室，清华又有了专门的心理学研究和心理咨询单位，在引导学生身心健康发展、提高学生整体素质的教育过程中，起到了必不可少的作用。
心理学系几经风雨，其间培养了一批著名科学家。如现代试管婴儿之父、美国科学院院士张民觉（1933级），当年因生物成绩优异而被破格录取；我国家畜人工授精技术的开拓者和传播者郑丕留，1931年考入清华心理学系学习，1934年完成动物心理毕业论文后曾留学美国。他深受巴甫洛夫学说的影响，研究大白鼠选择光暗刺激逃出水迷宫、建立记忆和学习条件反射的机制，也为我国畜牧科学技术的发展做出了贡献；曹日昌（1935级）是我国最早将辩证唯物主义应用于心理学研究的倡导者之一，为我国心理学科的兴建和发展做出了重要贡献。
