清华历史学系在蒋廷黻、刘崇鋐等主导下，倡导“中外历史兼重”、“考据与综合兼重”、“历史与其它社会科学兼重”的办系理念，聘请陈寅恪、雷海宗等史学名家任教，形成了贯通古今、融合中西的治学风气和办学特色，为现代中国新史学的建立奠定了基础。
清华历史学系成立于1926年，之初仅有“教授3人，学生3人，图书费年只数百元”。虽规模不大，但首任系主任是陆懋德，他对历史学系的学术方向和学科发展做出了规划。他认为：“历史为陶铸国民性之工具，亦为养成爱国心之教材”。然而旧制清华由于留美预备学校的性质，在课程设置上“素重西史而轻中史”。针对此弊端，他提出了发展历史学系“宜中西并重”的设想，以期造就中西兼综的“全才”。
三个“并重”的办系理念
1928年8月，罗家伦出任国立清华大学校长后，对校政进行全面整顿和改革，重新选聘教授和系主任成为重要举措之一。他力排众议，专程前往南开大学邀请蒋廷黻出任历史学系教授和系主任。在蒋未到任之前，罗家伦亲自兼任系主任。
1929年8月，蒋廷黻开始担任历史学系主任一职。多年接受的现代西方史学训练，使其对中西方在治史方面的差异及中国传统史学的不足有了比较深刻的认识。因此，运用西方的近代史学理论改造中国传统史学，为现代中国创建“新史学”和培养新式史学家，就成为他主持的历史学系的努力目标和方向。为此，他提出了一套全新的办系理念。
在课程设置上，实施“中外历史并重”的方针。蒋廷黻认为，外国史与中国史的研究同等重要，因为中国已处在一个中西文化汇流的时代，它的政治、经济、思想、科学各个方面都不能不受日本和西洋各国的影响，研究这些国家的历史“等于认识我们的邻居”。因此，历史学系每年平均开设的20多门课程中，中外史各占一半。而在开设的外国史中，又特别重视中国的近邻——日本和俄国的历史。
在基础学习阶段，强调“历史与其他社会科学并重”。蒋廷黻、刘崇鋐都认识到，“多识一种文字就多识一个世界”。而其他人文学术可以帮助“我们了解历史的复杂性、整个性，和帮助我们作综合工夫”。因此，历史系要求学生“多学外国语及其他人文学术，如政治、经济、哲学、文学、人类学”。
在治学方法上，倡导“考据与综合并重”。蒋廷黻认为，中国传统史学在考据、校勘方面有很大成就，但在理论综合分析方面非常欠缺。学习外国史学，尤其是他们的史学理论与方法，有助于提高中国历史研究的水平。
蒋廷黻离任之后，继任系主任刘崇鋐、雷海宗等学者继续倡导上述三个“并重”的方针。在全系师生的努力下，清华历史学系在20世纪三四十年代发展迅速，在推进现代中国新史学的研究与培养史学人才方面取得了很大成就。
开创史学新学科育新人
历史学系在明确办学理念、改革课程的同时，大力延聘名师。这一时期，相继到校任教的著名学者有：陈寅恪（与中文系合聘）、刘崇鋐、雷海宗、孔繁霱、噶邦福、张荫麟、邵循正、吴晗、孙毓棠、周一良等。无论是治中国史还是治外国史的学者大多都有留学欧美日的经历，他们的中西文化学术背景与历史学系所倡导的办系理念和治学方针相符合，为开创史学新学科奠定了基础，并培育出一批史学新人才。
在学术研究上，陈寅恪的魏晋南北朝和陏唐史研究，不仅为当时中古史研究开启了新方向，而且为后来的学者奠定了学术规范；雷海宗在运用“文化形态史观”建树中国通史的宏观理论架构方面进行了积极探索；蒋廷黻的近代中国外交史、中国近代史研究，为中国历史学开创了一门新的学科——中国近代史。此外，刘崇鋐的西洋史研究、张荫麟的宋史研究，在现代中国学术界也具有开拓性意义。
在人才培养上，1930年历史学系开办研究所，考虑到自身特点及优势，仅在中国中古史及清史两个方向指导学生。但即使在这两个领域，当时培养出的杰出学生就有邵循正、朱延丰、王信忠、张贵永、张德昌、姚薇元、王栻、张荫麟、孙毓棠、谷霁光、吴晗、王栻、杨联陞、何炳棣、刘广京、李定一、丁则良、丁明楠、王永兴等人。他们均继承了前辈学人的学风和事业，成为一代学术名家。
1952年院系调整时，清华历史学系并入北京大学。其后30多年，清华虽历史系不复存在，但在政治理论课教学中仍继续了中国近现代史的教学与研究工作。 20世纪80年代后，清华大学陆续恢复人文学科。1993年，历史系恢复建制。2003年，历史系与思想文化研究所合并，成立新的历史系。它在继承老清华历史学系学术传统的同时，不断开拓新的研究领域，为培养新一代的史学人才而努力奋斗。
