清华于1919年12月23日成立了第一个学生会，它诞生于“五四”运动爱国、民主、科学的洪流中。此前清华学校初期，还没有全校性学生会组织。 在1919年的“巴黎和会”上，美英法日等国，无理地拒绝了中国人民“废除二十一条”的正当要求，还公然把德国在山东的权益全部让与日本。丧权辱国的北洋政府竟同意在和约上签字。消息传来，举国愤慨，1919年5月4日北京城内3000余名学生举行了反帝爱国示威游行。当晚，五四运动爆发的消息传到清华园，一向沉静闭塞的清华学校顿时沸腾起来。高等科二年级学生闻一多连夜工笔抄录了岳飞的“满江红”词，贴在高等科饭厅门口，表达了“从头收拾旧山河”的决心。第二天一早，有些同学在宿舍门口贴出红笔写的大字报，要求立即行动。当日（5日）高等科和中等科科长立即召开全校各会社负责人联席会议，决定成立清华学生代表团，派代表与各学校互通声气，与北京学生采取一致行动。清华学生代表团于5月7日正式成立,代表团团长为顾德民，清华学生代表团随即领导清华学生投入反帝爱国运动。5月9日，清华同学在体育馆前举行了“国耻纪念会”。会上决议通电巴黎，要求中国代表拒绝在和约上签字，并庄严宣誓：“口血未干，丹诚难泯，言犹在耳，忠岂忘心。中华民国八年五月九日，清华学校学生，从今以后，愿牺牲生命以保护中华民国人民、土地、主权，此誓。”
当时全国各地纷纷进行抵制日货的活动，1919年11月15日，日本驻福州领事馆竟派出便衣警察和浪人殴打参加抵制日货活动的学生；16日，又打死打伤学生和市民多人，制造了“福州惨案”。国人闻之莫不愤恨异常，福建罢市、罢学，京津沪等学界也奔走呼号予以声援。27日清华各级学生重选代表，商议起草学生会章程，“以便重组代表团与京中学界共同进行”；并于29日组织清华学生赴城内与各校学生上街游行。12月17日，全体学生大会通过了学生会章程；在23 日晚，清华全体学生聚集在饭厅，举行学生会成立大会。清华学生连续参加学生运动引起了学校当局的不满，校长张煜全竟派巡警干涉学生会成立，乘学生开会之际派人关掉电灯以迫使学生散去，想不到此举激怒了学生。在几支洋蜡烛的照耀下，清华学生会庄严成立。学生会设评议部和干事部,由刘驭万、罗隆基为评议部正、副主席，时昭泽为干事部主席；干事部下设总务、交际、文牍、会计、新闻五科，其中文牍科正副主任为闻一多、潘光旦。随着学生会的成立，学生活动日益活跃，校内刊物《清华周刊》也由学校派定学生编辑改为由学生自选编辑，各种学生团体如雨后春笋般兴起。
清华学生会初期的组织形式模拟的是资产阶级议会政治，即“三权鼎立”。评议会是全校代议机构，行使立法权；干事部行使行政权；司法的权力还掌握在学校斋务处手中。随着“五四”以来新思潮对学生影响的增长，学生们对于校方家长式的严厉管束越来越不满。1919年10月，一位姓李的斋务长因开除学生，遭学生诘问并被打。同年12月，校长张煜全因干涉学生会成立大会，遭到学生反对而被迫去职。学校传统的管理方式被动摇，1920年起学生对自治展开广泛讨论，认为“学生自治，是由学生组织团体去练习学生管理自己”。到1922年3月，学生通过学生会提出要求，成立了学生法庭，选出了审判官和检察官，“三权鼎立”随之形成。学校还拨了一笔钱，为“法官”们缝制了“法服”。穿戴上峨冠博袖的服装，学生法官们审理学生间争执事件甚至处理学生违反校章的事件。1925年学生法庭被停止。1929年《国立清华大学学生会章程》规定“本会最高权力机关为全体大会，立法机关为代表大会，执行机关为执行委员会”。
清华学生会的成立与实现自治，一方面是由于“五四”运动唤起了清华学生的爱国热情和自我意识的觉醒，“年轻的学生们经此刺激震动而突然觉醒了，登时表现出一股蓬蓬勃勃的朝气，好像是蕴藏压抑多年的情绪与生活力，一旦获得了迸发奔放的机会，一发而不可收拾，沛然而莫之能御。”；另一方面，也可从中窥见清华学校早期的教育目的，清华学校的教育目标不仅是培养留美预备生，同时还寓有造就“领袖人才”的意义，希望“成一造就中国领袖人才之试验学校”。对于这种领袖人才，清华校长曹云祥提出了这样的要求：“天赋之才，精明强干，随机应变，善于治人”。学校在加强管理的同时，也提倡和鼓励学生组织各种社团，开展课外活动，包括对外交涉、演说辩论、开运动会、请人演讲、编杂志、出级刊等。学校以学生团体活动为手段来培养学生的组织、办事能力，而清华学生会以后的日益发展以及参与左右校政、领导学生积极参加反帝爱国运动等行为恐怕已非校方的初衷了。
随着民族危机的加深，学生的爱国热情高涨，清华学生会领导学生参加了一系列的爱国反帝运动，逐渐成为清华爱国学生运动的领导核心，在以后的“一二·九”运动、“一二·一”运动、抗暴运动、“反饥饿、反内战”运动、解放前的护校斗争中发挥了重要作用。
