国学研究院部分教师：前排：从左至右分别为李济、王国维、梁启超、赵元任，后排：从左至右分别为章昭煌、陆维钊、梁廷灿，梁启超、王国维、赵元任与陈寅恪四位学者共同被称为“国学研究院四大导师”。 清华第一个研究机构（院）当是清华学校时期的研究院，即国学研究院。国学研究院成立于1925年，到1929年结束历时四年。吴宓为首任研究院主任，但 1926年3月吴宓即辞职，主任职务由校长曹云祥“兼理”；同年5月由教务长梅贻琦“兼管”院务。国学研究院与大学部、旧制留美预备部组成当时清华学校三个相对独立的教学单位。国学研究院招收大学毕业及同等学力的学生，主要研究中国经史古学，培养各级学校的国学教师以及终身从事学术研究之人才。
早在“五四”新文化运动期间，胡适就提倡“用西方科学方法”研究“本国固有文化”，北京大学于1921年创建了研究所国学门。自清华建校之后，屡被指责忽视中国文化和国情知识的研究。梁启超就曾说：“清华学生除研究西学外，当研究国学，盖国学为立国之本，建功立业，尤非国学不为功。”同时，前期出洋留学归来者也认为“虽把留美作为入清华的目的，可是留美已不是最终目的了”。在学校方面，也是认为中国造就领袖人才为清华教育的方针，并且鼓励学生研究国情。于是，1925年2月，校长请吴宓任研究院筹备主任，开始筹建国学研究院。
吴宓在《清华开办研究院旨趣及经过》一文中指出：“本校设立研究院之初意，详见曹校长所著《西方文化与中国前途之关系》小册中……曹校长之意，约分三层：（一）值兹新旧递嬗之际，国人对于西方文化，宜有精深之研究，然后可以采择适当，融化无碍；（二）中国固有文化之各方面（如政治、经济、哲理学），须有通彻之了解，然后于今日国计民生，种种重要问题，方可迎刃而解，措置咸宜；（三）为达上言之二目的，必须有高深学术机关，为大学毕业及学问已有根柢者进修之地，且不必远赴欧美，多耗资财，所学且与国情隔阂。此即本校设立研究院之初意。”同时，还提出研究院的研究方法及内容：“惟兹所谓国学者乃指中国学术文化之全体而言。而研究之道，尤注重正确精密之方法（实时人所谓科学方法），并取材于欧美学者研究东方语言及中国文化之成绩，此又本校研究院之异于国内之研究国学者也。”总之清华学校创办国学研究院的主导思想，就是要吸取中西方文化之精华，融化阐发以创新，其主要宗旨是“以研究高深学术，造就专门人才”。
国学研究院主要招收对象，除“国内外大学毕业者或具有相当之程度者”外；还有“各校教员或学术机关服务人员，其有学识及经验者；各地自修之士，经史小学等具有根柢者”。学生经录取后，须按期到院，常川住宿，屏绝外务，潜心研究，笃志学问，尊礼教授，并不得有逾越行检，妨害本院之行为。研究期限以为年为卒，但遇有研究题目较难、范围较广，而成绩较优者，经教授许可，可续行研究一年或二年。研究院四年间共收四届，录取74人；除有2人退学和4人病故外，实际完成学业68人。他们后来有的执教于大中学校，有的任职于文化学术机构，都在为弘扬我国优秀传统文化而尽心尽力。
研究院在教学上注重个人自修，教授专任指导；其分组不以学科，而以教授个人为主，致使学生与教授关系非常密切。而学员在此短期内，于国学根底及治学方法均能确有收获。为此研究院聘请宏博精深、学有专长的学者前来任教。于是就有了著名的“国学研究院四大导师”，他们就是梁启超、王国维、陈寅恪和赵元任四位学者；另外还有一特别讲师李济。教师与学生之间主要教学活动，是通过普通演讲（即课堂讲授）和指导学生进行专题研究的方式来进行。比如：王国维的普通演讲有“古史新证”、“古今文字”、“尚书”、“礼记”等，梁启超有“中国通史”、“历史研究法”、“儒家哲学”、“读书示例——荀子”等，陈寅恪主讲“西人之东方学之目录学”、“梵文——金刚经之研究”、“高僧传之研究”、“梵文文法”、“唯识十二论校读”等，赵元任有“方言学”、“普通语言学”、“中国音韵学”和“音韵练习”等；李济主讲“人文学”、“人体测验 ”和“考古学”。从他们所讲授内容来看，无不是各自之研究精华，正所谓“出其平生治学之心得，就所最专精之科目讲授之”。每届学生入学后，各教授都要用自己的亲身体验向学生进行学习和选定研究题目的指导，以助学生能够根据自己的“志向兴趣学力之所近”，去自主地选定自己的学习方向和研究课题。这种方法启动了学生学习和研究的积极主动精神，是一种行之有效的教学方法。
研究院师生勤于研究，著述甚丰，成果多发表于自己所办的刊物上。研究院的出版刊物主要有三种：（一）教授主编之丛书，比如王国维的《蒙古史料四种校注》、陈寅恪的《大宝积经论》、赵元任的《现代吴语的研究》、李济的《西阴村是前的遗存》等；（二）《国学论丛》，到1929年3月共出版二卷六期，内容除本院教师之著作外，凡学生之研究成绩，经教授会同审查，认为有价值者及课外作品之最佳者，均予登载，比如刊载有吴其昌的《宋代之地理史》、周传儒的《中日历代交涉史》、刘盼遂的《说文汉语疏》等；（三）学生主编的《实学月刊》，他们本着“经以明圣贤之心，攻诸史以寻治乱之迹。汇百家之学，集万国之观……洽于古今，通乎中外”的宗旨，前后共印行六期，这些学生的著述，受到校内外学人的瞩目。其中代表性著作如：高亨的《韩非子集解补正》、吴其昌的《三统历简谱》、王镜第的《周官联事考》等等。这些研究成果以及对我国国学研究的贡献，都大为可观和令人称道。
1929年6月，国学研究院第四届学生毕业之时，也意味着清华国学研究院正式结束。关于清华国学研究院停办的原因甚多，比如：失去王国维、梁启超两位教授，大学部与研究院学生之间的利益冲突等。最主要的原因，还是因为校内资源分配冲突，即大学部与研究院学生利益之间的冲突。1928年，国民政府委派罗家伦出任校长。在罗到职前，清华学生会成立了校务改进委员会，在教师的支持与帮助下，推派代表带着改进意见书赴南京与罗进行谈判。当时提出了八点意见，其中第五点就是：“停办国学研究院，从速筹备大学毕业院。”所以，罗家伦在1929年清华毕业典礼上致辞时说：“这次毕业共有三班，大学部有八十四人毕业，这是第一次；留美预备部有三十七人毕业，恰巧又是最末一次；而国学研究院的同学，这也是最后的一班。”这就等于正式宣布清华国学研究院的结束。
虽然国学研究院仅办四年，但是其研究之成果颇丰，并对我国国学研究产生了极大影响。在研究院学习的60余位学生毕业后，大部分奋斗在教育战线，他们对于中国文化的教学和研究做出了重要贡献。国学研究院的研究和人才培养，是清华建校以来在国学研究和人文教育上的一项重大成就。
